Стојковић је са Партизаном три пута био шампион Србије, освојио три националан купа и играо у Лиги шампиона и Лиги Европе.

- Оваj осјећаj ће ми замијенити што у претходне четири године нисмо освоjили титулу. Оваj осјећаj не може да се купи и раван jе осваjању титуле. Вежбао сам да не заплачем, али ниjе било могуће. Имао сам толико тужних тренутака у животу, од смрти родитеља, научио да не падам пред Божиjим одлукама, али сад нисам издржао", изjавио jе кроз сузе Стојковић на опроштају који му је приредио клуб.

Стоjковић jе дрес Партизана прво обукао 2010. године, када jе стигао из лисабонског Спортинга прво на позаjмицу, после чега jе откупљен од Парног ваљка љета 2011. У jануару 2014. одлази у Ерготелис као слободан играч, а истог љета прелази у Макаби из Хаифе. Слиједи трансфер у Нотингем Форест 2016, али се већ после годину дана враћа у Хумску 1.